Razviti pristop bo mogoče uporabiti tudi za druge tematike. Naslonitev na *Rxiv-e omogoča vpogled v tekoče dogajanje. Uporaba bibliografskih baz kot sta WoS in Scopus vnaša vsaj nekajmesečni zamik.
Zaradi kratkega časovnega obdobja in zamika pri recenzijah WoS ni najustreznejši vir bibliografskih podatkov. Nasloniti se bo potrebno na vire kot so:
Najprej pregled nekaj člankov → izbor iskalnih gesel.
Težave utegnejo biti s pridobivanjem omrežja sklicevanj, ker bi v večini primerov morali vire (reference) pridobiti iz samih del (člankov, knjig, poročil, …).
Lažje bi bilo najbrž sestaviti:
morda še
Zasičevanje - dodajanje opisov pogosto citiranih del, pomembnih avtorjev, …
Porazdelitve, izpeljana omrežja: sopojavljanje avtorjev (soavtorstvo), sopojavljanje gesel; normalizacija omrežij. Pomembne skupine: otoki, sredice, razvrščanje.
Med brskanjem sem naletel na COVIDScholar: An automated COVID-19 research aggregation and analysis platform (čisto svež). Veljalo bi pogledati kaj vse omogoča. Covid scholar. Github. Dobro bi bilo navezati stik z njimi in dobiti dostop do podatkov.
Druga možnost je, da se naslonimo na podatke s Semantic scholar. opis, podatki, samo metada (~500MB). Metadata.csv vsebuje polja: cord_uid, sha, source_x, title, doi, pmcid, pubmed_id, license, abstract, publish_time, authors, journal, mag_id, who_covidence_id, arxiv_id, pdf_json_files, pmc_json_files, url, s2_id in vsebuje (7. dec.) opise 375095 del. Za opis zgradbe celotnega članka se uporablja oblika zapisa S2ORC JSON vpeljana v S2ORC: The Semantic Scholar Open Research Corpus, Github. Če prav razumem, lahko pridemo za vsaj polovico člankov tudi do sklicevanj. S2ORC metadata 2 Pajek
primer opisa v S2ORC JSON. Vsaka vrstica vsebuje opis nekega članka v JSONu. Za ogled datoteke v Netscape-u je potrebno vse skupaj okleniti z [ ] in med opise postaviti vejice.
Obstaja podatkovje S2ORC z milijoni člankov in sklicev iz različnih disciplin. Zelo zanimivo za posebno analizo.
Zgleda, da je zelo veliko objav na ArXiv-ih: 2,973 (ArXiv) + 11267 (8825 medRxiv, 2442 bioRxiv)
Na bioRxiv je mogoče opis izvoziti v več oblikah. Tudi v BibTeXu in obliki RIS
TY - JOUR T1 - Efficient inhibition of SARS-CoV-2 strains by a novel ACE2-IgG4-Fc fusion protein with a stabilized hinge region JF - bioRxiv DO - 10.1101/2020.12.06.413443 SP - 2020.12.06.413443 AU - Svilenov, Hristo L AU - Sacherl, Julia AU - Reiter, Alwin AU - Wolff, Lisa AU - Chen, Cho-Chin AU - Wachs, Frank-Peter AU - Pippig, Susanne AU - Wolschin, Florian AU - Buchner, Johannes AU - Brockmeyer, Carsten AU - Protzer, Ulrike Y1 - 2020/01/01 UR - http://biorxiv.org/content/early/2020/12/07/2020.12.06.413443.abstract N2 - The novel severe acute respiratory syndrome (SARS)-like coronavirus (SARS-CoV-2) enters its host cells after binding the angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) via its spike glycoprotein. This interaction is critical for virus entry and virus-host membrane fusion. Soluble ACE2 ectodomains bind and neutralize the virus but the short in vivo half-lives of soluble ACE2 limits its therapeutic use. Fusion of the constant (Fc) part of human immunoglobulin G (IgG) to the ACE2 ectodomain can prolong the in vivo half-life but bears the risk of unwanted Fc-receptor activation and antibody-dependent disease enhancement. Here, we describe optimized ACE2-Fc fusion constructs that avoid Fc-receptor binding by using IgG4-Fc as a fusion partner. The engineered ACE2-IgG4-Fc fusion proteins described herein exhibit promising pharmaceutical properties and a broad antiviral activity at single-digit nanomolar concentration. In addition, they allow to maintain beneficial enzymatic activity of ACE2 and thus are very promising candidate antivirals broadly acting against coronaviruses.Competing Interest StatementThe authors have declared no competing interest. ER -